El Instituto Universitario de Caldas, ubicado en la avenida Santander, carrera 23 No 35 – 36, fue una institución educativa de carácter oficial mixto que promovía el desarrollo integral de la comunidad. En 1979, el gobierno departamental y nacional dividió el colegio en tres jornadas con administraciones independientes (Resolución N°001 del 19 de enero de 1979 y Decreto 0024 del mismo año); ese mismo año, se implementó la educación mixta en todas las jornadas. A partir del año 2003, la institución se fusionó en una sola administración con tres secciones: la primaria, representada en la Escuela Fanny González; la primaria en la jornada de la mañana, y la sección secundaria en la jornada de la tarde.

El colegio se fundó como Colegio Mayor de Manizales, según la Ordenanza N°2 del 20 de marzo de 1911. Sin embargo, este colegio no satisfacía las aspiraciones de la ciudad. Por ello, el doctor José Ignacio Villegas J. presentó un proyecto de Ordenanza que llevó a la supresión del Colegio Mayor de Manizales y la creación del Instituto Universitario de Caldas. Esta transformación se formalizó con la Ordenanza No 23 del 18 de abril de 1913, sancionada por el gobernador Emilio Robledo Correa. Las labores del instituto comenzaron en febrero de 1914, con el doctor Valerio Antonio Hoyos y Yarza como rector y 228 estudiantes inscritos, ofreciendo las modalidades de Filosofía y Letras, Agricultura, Arte y Mecánica. En 1918, se estableció el Bachillerato Clásico, Técnico y Topográfico en lo que hoy es la Escuela Juan XXIII. En 1959, bajo la rectoría del doctor Alfonso Giraldo Rivera, la institución se trasladó a su sede actual.

En 2014, el colegio celebró su centenario, conmemorando 100 años de servicio educativo. Luego, en 2018, se llevó a cabo una renovación importante de sus instalaciones.

En el año 2020 el colegio tuvo que dar clases virtuales ya que tuvieron que tomar precauciones del virus Covid-19, para evitar que el virus atacara a los estudiantes y a sus familias, pero esto solo duro hasta el 2021. A partir del año 2022 se retomaron las clases presenciales.

Actualmente, en 2024, la institución ha implementado la jornada única. Esta medida busca optimizar el uso del tiempo escolar y mejorar la calidad educativa ofrecida a sus estudiantes.